El inicio histórico de la Villa de Cebolla está en una villa romana "Los Merillos" en las mejores tierras de labor del término. Es muy probable que esta villa de origen romano se abandonara por lo insano para vivir del lugar, la cercanía del río favorece la proliferación de mosquitos y estos la propagación de las fiebres terciarias, de las que se padecía mucho en la villa, o porque al estar situada en un llano era inundada por el río con facilidad. No tenemos claro cuando se abandonó definitivamente la villa de Los Merillos, parece ser que el período de abandono paulatino corresponde a todo el siglo XI.

El número de restos de la villa era tan grande, que el 17 de abril de 1640, Domingo Francia solicitaba permiso para recuperar riquezas en el paraje próximo al río. Fueron encontrados  cerámicas, vidros, mosaicos y sepulcros de la época romana y visigoda.

Todos estos hallazgos arqueológicos nos confirman la existencia de una amplia y rica villa agrícola hasta la época medieval visigoda. Entre ellos cabe destacar un ara romano que hace referencia  a un personaje céltico romanizado llamado Asterio y un fragmento de una gran tapa de sarcófago romano, anterior a la época de Constantino, de gran tamaño, lo que hace pensar en la importancia del personaje que estaba enterrado.

En 1215 la villa de Los Merillos será donada por Alfonso VIII al obispo de Plasencia, sin que se vuelva a tener noticias de ella posteriormente.

Los romanos se asentaron y desarrollaron una gran actividad en el valle. de esa época es también la base del Castillo de Villalba, que fue un fuerte de protección de la calzada que transcurría paralela a sus pies que unía Talavera y Toledo.

Fijar la fecha del origen de Cebolla en su actual asentamiento es incierto, sabemos que Alfonso VI ocupa esta zona hacia 1083 manteniéndose la población islámica y mozárabe la que se le añadió repobladores de Castilla, León, Galicia y Navarra.

Esta inicial repoblación se truncará cuando el emir Alí Ben Yusuf toma por asalto Talavera el 12 de agosto de 1109.

Durante el reinado de Alfonso VII se afrontó la segunda repoblación de la zona, esta vez con grupos de mozárabes y judíos que habían sido expulsados del norte de África y al-Andalus. En dicho reinado se hace entrega del Castillo de Villalba, con sus aldeas y términos, al maestro Hugo.

El primer documento escrito en el que se menciona a Cebolla como asentamiento fijo, es un texto mozárabe del año 1184, en el que se relata la existencia de una alquería o conjunto de cortijos, en el sitio de Cebolla. El conjunto del pueblo estaba compuesto por las alquerías de La Aldehuela, Villalba, Sanchón y las Casas de Cebolla, primer nombre de nuestra villa.

Se vuelven a tener noticias de Las Casa de Cebolla, junto al Castillo de Villalba, porque fueron concedidas en el año 1205 a la Orden de Calatrava y con posterioridad y hasta el siglo XIV pertenecieron a la Orden del Temple. En 1477 obtendrá el título de villa, consiguiendo así sus primeras libertades municipales.

En cuanto a La Aldehuela, poblado integrante de Cebolla, tiene un origen hispano visigodo, según nos indican los restos cerámicos del terreno. Fue propiedad de los templarios y poblada por mozárabes.

El poblado de Sanchón tiene, de igual manera que nuestra villa, un origen árabe. Se desconoce cuando fue asimilado por Cebolla. Se sabe que tuvo gran actividad y cierta importancia, como lo demuestra la existencia de un rollo de justicia de ladrillo. El topónimo de Sanchón indica la repoblación durante la Reconquista por parte de castellanos del lugar.